נחל צפית מתחיל את דרכו מרכס חצרה, שהוא אחד הרכסים היוצרים את צפון הנגב ונמצא ממש על שפת המכתש הקטן. הנחל צריך להתגבר בדרכו על גובה רב- מ- 500 מ' מעל פני הים ועל 300 מ' מתחת לפני הים. לכן לפחות בחלקו הנחל כולל גם מפלים, ירידות ועליות תלולות. האזור העליון של נחל צפית מתחתר בתוך הרכס ויוצר...
